من العلوم التي خاض في غمارها الإمام الباقر المسائل الكلامية التي ألقاها في كثير من محاضراته، فسألوة عن أعقد المسائل وأدقها في بحر هذا العلم فأجاب عنها. ومما يجدر ذكرة أن عصر الإمام كان من أكثر العصور الإسلامية امتداداً في الفتح الإسلامي فانضوى تحت لواء الإسلام أغلب المناطق وشتى شعوب الأرض من كل عرق ولون مما أثار موجة من الحقد والحسد في نفوس المعادين للإسلام من الشعوب المغلوبة على أمرها فقاموا بحملة تشويش ضد العقيدة الإسلامية فزرعوا الشكوك بين أبناء المسلمين وأخلوا الأوهام إلى قلوبهم من خلال الفرق الإسلامية.